Bulk RNA-seq Tutorial (Hands-on)

각 단계를 차례대로 클릭하여 실습을 진행하세요.

Bulk RNA-seq introduction
Step 01. Bulk RNA-seq 소개

RNA-seq 개요, 실험 설계(복제수/읽기수), 라이브러리 타입(stranded, paired-end) 이해.

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FASTQ QC & preprocessing
Step 02. FASTQ QC & 전처리

FastQC/MultiQC로 품질 점검, 어댑터 트리밍(cutadapt), 오염/리드 품질 처리.

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Expression quantification
Step 03. 발현값 정량

FPKM/TPM/Count 차이와 계산, pseudo-alignment(Salmon/Kallisto) vs STAR+featureCounts.

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DEG analysis
Step 04. DEG 분석

DESeq2/edgeR로 카운트 기반 차등발현, 정규화·분산추정·모델링과 시각화.

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Advanced RNA-seq topics
Step 05. Advanced 분석

배치 효과(SVA/ComBat), 통합 분석, isoform/TE 분석, QC 메트릭 심화 및 파이프라인화.

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