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Somatic Mutation Calling
Somatic Mutation Calling (Hands-on)

FASTQ → Trimming → Alignment → Somatic Variant Calling → Annotation 실습 강의.

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Microarray
Microarray

Normalization(RMA/quantile), QC, differential expression(Limma) 실습.

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RNA-seq
RNA-seq (Bulk)

QC/trim → 정렬·정량(STAR/Salmon) → DESeq2/edgeR → 기능분석(GSEA).

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Single-cell RNA-seq
Single-cell RNA-seq

Seurat/Scanpy: QC → 정규화 → 차원축소 → 클러스터링 → 마커 탐색.

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TCGA
TCGA

GDC/TCGAbiolinks로 임상·오믹스 다운로드 → 전처리/생존분석/서브타입 분석.

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GEO
GEO

GEOquery/SRAtools로 데이터 획득 → 재현 분석 파이프라인(마이크로어레이·RNA-seq).

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ADNI
ADNI

MRI·임상 지표 처리 → 통계/머신러닝 워크플로우(예: 진단/예후 모델).

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16S rRNA
16S rRNA

QIIME2/DADA2: ASV 생성 → 다양성 지표 → 차등 풍부도 분석.

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Metagenomic WGS
Whole genome shotgun

메타지놈 정렬/분류(Kraken/MetaPhlAn) → 기능·경로 분석(HUMAnN 등).

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